Ο «Οικολογικός Άνεμος» Βορείου και Νοτίου Αιγαίου εκφράζουν την έντονη ανησυχία τους για τα προβλήματα που δημιουργούνται στη λειτουργία του Πανεπιστημίου Αιγαίου από τη μείωση των πιστώσεων για τους συμβασιούχους διδάσκοντές του από 108 σε 91, και μάλιστα κατά τη διάρκεια του τρέχοντος ακαδημαϊκού έτους 2010 - 2011. Η σύγκλητος του Πανεπιστήμιου Αιγαίου ανακοίνωσε ότι εάν το Υπουργείο δεν ανταποκριθεί στα αιτήματα του θα προχωρήσει σε αναστολή της λειτουργίας του στην αρχή του εαρινού εξαμήνου 22 - 23 Φεβρουαρίου 2011.
Η περικοπή αυτή προκαλεί τεράστια προβλήματα και αδυναμία ομαλής υλοποίησης των προγραμμάτων σπουδών όλων των Τμημάτων κατά το εαρινό εξάμηνο. Μετά την περικοπή του βασικού προϋπολογισμού κατά 30% το Υπουργείο Παιδείας προχωρά σε αυτήν την εξωφρενική μείωση των πιστώσεων για συμβασιούχους καθηγητές που για νέα ιδρύματα όπως το Πανεπιστήμιο Αιγαίου καλύπτουν μεγάλο μέρος των βασικών τους αναγκών. Σε κοινή δήλωσή τους ο Νίκος Χρυσόγελος, Περιφερειακός Σύμβουλος με τον ΟΙΚΟΛΟΓΙΚΟ ΑΝΕΜΟ Ν. Αιγαίου, Γραμματέας του Προεδρείου του Περιφερειακού Συμβουλίου Ν. Αιγαίου και ο Ηλίας Γιαννίρης, Περιφερειακός Σύμβουλος με τον ΟΙΚΟΛΟΓΙΚΟ ΑΝΕΜΟ Β. Αιγαίου, τόνισαν σχετικά: «Είναι γνωστή σε όλους μας η σημασία του Πανεπιστημιου Αιγαίου στην οικονομική, πολιτιστική και πνευματική ζωή των νησιών μας. Η απόφαση του Υπουργείου Παιδείας αποτελεί βόμβα στα θεμέλια της λειτουργίας του Ιδρύματος και καλούμε τα Περιφερειακά Συμβούλια Νοτίου και Βορείου Αιγαίου να συνεργαστούν με το Ίδρυμα και να πάρουν την πρωτοβουλία παράστασης στην Υπουργό Παιδείας για την επίλυση του ζητήματος»